Η κυριότερη εκκλησία του νησιού και η μητρόπολη είναι η Παναγιά η Πορταΐτισσα κάτω από το κάστρο.Κοντά στο Κάστρο υπάρχουν δυο κατάλευκες εκκλησίες,η Παναγιά του Κάστρου και ο Άγιος Γεώργιος. Πολύ γνωστό είναι το Μοναστήρι της Παναγιάς της Φλεβαριώτισσας, βρίσκεται στη Χώρα και μέρος της εκκλησίας είναι χτισμένο μέσα σε σπηλιά.Το Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στη νότια πλευρά του νησιού και είναι κτισμένο σε ένα τοπίο με πανέμορφη θέα. Κάτω από το εκκλησάκι υπάρχουν περιβόλια και πηγές με γάργαρα νερά. Η ρεματιά καταλήγει σε ακρογιαλιά με κρυστάλλινα νερά. Τέλος, η εκκλησιά της Παναγιάς της Πουλαριανής προστάτιδας των ναυτικών, στο δρόμο προς το Βαθύ. Ο βράχος σχηματίζει την Παναγία με το βρέφος στην αγκαλιά της. Σύμφωνα με την παράδοση, σε κακοκαιρίες ανάβει φως στα βράχια.